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Márquez, el mejor del día y sin girar en la tanda 2
La segunda sesión de entrenamientos libres del Gran Premio de Malasia de MotoGP se dio bajo unas condiciones meteorológicas cambiantes, ya que la tanda comenzó con la pista húmeda debido a la lluvia caída durante la FP2 de Moto3.
El mejor tiempo de esta segunda sesión del día para la categoría máxima fue finalmente para Jack Miller (Estrella Galicia 0,0 Marc VDS) con un tiempo de 2m08s872. Sin embargo, la referencia del día recaía sobre Marc Márquez (Repsol Honda Team) gracias a su registro de 2m01s210 logrado durante la FP1. A pesar de ello, el español se encontraba indispuesto por una gastroenteritis y decidió no salir a pista en la tanda final del viernes en Sepang. Dada la situación, la lista de los mejores tiempos del día se tomaba directamente de la clasificación de la FP1, con Maverick Viñales (Team Suzuki Ecstar) y el británico Scott Redding (Octo Pramac Yakhnich) inmediatamente detrás de Márquez. Andrea Iannone (Ducati Team), Valentino Rossi (Movistar Yamaha MotoGP) y Héctor Barberá (Avintia Racing) cerraban las seis primeras posiciones.
La segunda sesión del día comenzó con los pilotos calzando neumáticos de lluvia y a 26 minutos para el final aparecían algunos rayos de sol, la pista comenzó a dejar un carril seco y aparecían los neumáticos mixtos en la mayoría de los boxes. Sin embargo, el mejor tiempo de momento estaba en manos de Cal Crutchlow (LCR Honda) con 2m14s712; a un abismo aún del tiempo de Márquez en la FP1.
En los últimos minutos de la tanda la pista se seco en gran parte de su superficie. El mejor tiempo era entonces para Loris Baz (Avintia Racing) con 2m11s643. El galo bajaba su registro a 2m10s855 sobre gomas intermedias, al tiempo que algunos pilotos como Crutchlow y Rossi se aventuraban a salir a pista con neumáticos lisos. Sin embargo, ya era demasiado tarde para pensar en mejorar la referencia de la FP1 y el mejor tiempo de esta FP2 quedaba finalmente en manos de Miller con 2m08s872, seguido por Crutchlow y Barberá.